Ровно 20 лет назад, 15 января 2004 года, в Пекине состоялась торжественная церемония открытия секретариата Шанхайской организации сотрудничества, в которой приняли участие министры иностранных дел Китайской Народной Республики Ли Чжаосин, Республики Казахстан Касым-Жомарт Токаев, Кыргызской Республики Аскар Айтматов, Российской Федерации Игорь Иванов, Республики Таджикистан Талбак Назаров, Республики Узбекистан Содик Сафоев и Исполнительный секретарь ШОС Чжан Дэгуан.
В связи с этим событием в адрес первого исполнительного секретаря ШОС (впоследствии должность была преобразована в генерального секретаря ШОС) поступили поздравительные телеграммы от глав государств-членов ШОС, а также послание генерального секретаря ООН.
Сегодня секретариат ШОС успешно выполняет возложенную на него важную и ответственную миссию по координации и информационно-аналитическому обеспечению деятельности Организации, проведению предварительной юридической и финансовой экспертизы договорных и нормативных документов ШОС.
Секретариат также является депозитарием документов, принимаемых в рамках ШОС, осуществляет организационно-техническое обеспечение заседаний и совещаний органов ШОС, координирует взаимодействие ШОС с государствами-наблюдателями и партнёрами по диалогу, международными организациями.
Секретариат возглавляется генеральным секретарем, который утверждается советом глав государств по представлению совета министров иностранных дел государств-членов ШОС.
Функционирует институт постоянных представителей государств-членов при секретариате ШОС.
Личный состав секретариата насчитывает 36 должностных лиц, направляемых государствами членами по страновым квотам, а также ряд технических сотрудников, нанимаемых из числа граждан страны пребывания.
В структуру секретариата входят 6 департаментов, занимающиеся политическими, экономическими, гуманитарными, информационно-аналитическими, административно-правовыми вопросами и международными связями.